常见的生物性危害包括细菌、病毒、寄生虫以及霉菌。 　　

按其形态，细菌分为球菌、杆菌和螺形菌；按其致病性，细菌又可分为致病菌、条件病菌和非致病菌。食品中细菌对食品安全和质量的危害表现在两个方面。

(1)引起食品腐败变质。

(2)引起食源性疾病。若食品被致病菌污染，将会造成严重的食品安全问题。

病毒非常微小，不仅肉眼看不见，而且在光学显微镜下也看不见，需用电子显微镜才能察觉到。病毒对食品的污染不像细菌那么普遍，但一旦发生污染，产生的后果将非常严重。

在寄生关系中，寄生虫的中间宿主具有重大的食品安全意义。畜禽、水产是许多寄生虫的中间宿主，消费者食用了含有寄生虫的畜禽和水产品后，就可能感染寄生虫。例如吸虫(Trematoles)中间宿主是淡水鱼、龙虾等节肢动物，生吃或烹调不适，会使人感染吸虫。

霉菌可以破坏食品的品质，有的产生毒素，造成严重的食品安全问题。例如黄曲霉素、杂色曲霉素、赭曲霉素可以导致肝损伤，并具有很强的致病作用。

常见的化学性危害有重金属、自然毒素、农用化学药物、洗消剂及其他化学性危害。

物理性危害与化学性危害和生物性危害相比，有其特点，往往消费者看得见。因而，也是消费者经常表示不满和投诉的事由。物理性危害包括碎骨头、碎石头、铁屑、木屑、头发、蟑螂等昆虫的残体、碎玻璃以及其他可见的异物。物理性危害不仅令食品造成污染，而且时常也损坏消费者的健康。

　　自从1973年，美国斯坦福大学的科恩教授开发成功转基因技术，转基因技术被逐渐应用于农产品的生产，但转基因食品是否安全，目前却没有一个人能做出肯定的回答。1999年3月，《自然》杂志发表了康乃尔大学Losey等人认为转基因作物有毒性的论文，引起了世界的震惊，其报道的转基因Bt玉米毒死黑脉金斑蝶的幼虫可谓转基因作物短期不良反应的一个实例。据推测，长期不良效应的发现正如六六六、DDT、PPA等药物的不良效应一样需要一定时间。欧盟国家在2000年6月决定暂停转基因产品的种植和流通，日本曾对转基因食品的安全性深信不疑，但自Losey等人的论文发表后，也将重新对转基因食品的安全进行进一步研究。转基因技术的应用一方面给食品行业的发展带来前所未有的机遇，另一方面转基因食品安全的不确定性也给食品安全带来了前所未有的挑战。