1、 秘书处：人事管理、文秘管理、财务管理、内部考核；

2、 会员部：发展会员、会员联络、催收会费、编辑《会员通讯》；

3、 法律部：食品安全法律法规咨询和服务；

4、 咨询部：开展食品安全技术、管理咨询，推广新技术、新设备、新工艺；

5、 会展部：组织食品安全专业会展及论坛；

6、 交流部：组织国际国内交流、考察活动；

7、 食品安全信息中心：编辑出版《食品安全与消费》杂志、建立并运营“福建省食品安全网”；

8、 食品安全培训宣传中心：各类食品安全和食品专业人才培训、食品安全普法及知识宣传（拟建立一支文艺宣传队配合“食品安全宣传周”活动）；

9、 食品安全评价认证中心：食品安全相关管理体系评价和认证；

10、 食品安全专家委员会：开展各种食品安全学术活动，进行优秀项目、论文、成果、品牌推荐，开展专题调研，组织或参与标准制定。